В 1863 году в селе Шуньга было основано двуклассное церковно - приходское училище.
В 1867 году в деревне Большой двор Шуньгской волости было открыто Шуньгское земское училище в количестве 106 учащихся. В 1893 году оно было преобразовано в образцовое мужское училище Министерства Народного Просвещения. Заведующим училища был Александр Антонович Николаевский, учителями – священник, отец Иоанн Алексеевич Щеголев, и учитель Успенский.
В 1894 году в Шуньгском погосте было открыто женское земское училище. Учителями в женском училище были Юлия Алексеевна Фролова и Екатерина Акимовна Петропавловская. А в 1896 году мужское и женское училище объединили.
В 1895 году по инициативе законоучителя И. Щеголева был открыт приют для бедных, которому было дано название «Николаевский». С 1902 года в Шуньге вновь начали работать два училища – Шуньгское 2-х классное училище и земское мужское училище.
В 30-е годы в Шуньге существовала школа колхозной молодежи (ШКМ). Здание находилось на сельге (Красная и Серая школы). В школе учились ученики 5-7 классов. Одновременно работали начальные школы (1-4 классы) в деревнях Хашозеро, Тимохово, Шабалино, Паяницы, Фомино.
В 1937 году школа стала средней. До Великой Отечественной войны был только один выпуск 10-го класса, выпуск 1940 года.
Во время Великой Отечественной войны школы были закрыты, многие здания начальных школ были сожжены советскими войсками при отступлении. Здания красной и Серой школы были переоборудованы в казармы. После освобождения Заонежья в 1944 году эти помещения были вновь восстановлены усилиями учителей и жителей села. Семилетняя школа начала свою работу.
К 50-м годам число учащихся возросло, в классах было по 40-42 человека, появились параллельные классы. Дети учились при керосиновых лампах, так как электричества не было.
В 1960 году школа перешла в новое здание (здание фабрики «Заонежская вышивка») на улице Центральной. Школа стала восьмилетней, а 9 и 10-е классы учащиеся заканчивали в Толвуйской средней школе.
В 1975 году школа преобразована из неполной в полную среднюю общеобразовательную.
В 1977 году школа сделала первый выпуск десятиклассников (37 человек).
В 1982 году построено новое современное здание. В этом здании школа работает и поныне.
В 2018 году исполнится 155 лет со дня основания Шуньгской школы.
